كان محمد على قد أمر بمنع خروج الآثار القديمة من مصر، وبالمحافظة عليها، وأنشأ داراً للآثار بجهة الازبكية بمنزل الدفتردار، ونضيف إلى ذلك أن هذا الأمر لم يمنع يد السرقة والنهب أن تمتد إلى الآثار والعاديات القديمة فكان الإفرنج ينهبون منها ماتصل إليه أيديهم، وينقلون منها إلى بلادهم من بدائع الآثار المصرية ما تزدان به الآن متاحف أوروبا. وكانت الحكومة ذاتها، وخاصتاً في عهد عباس الأول، تهب من هذه الآثار إلى الأمراء والعظماء من الأجانب بغير حساب، حتى تضاءلت مجموعة العاديات التي جمعت في دار الآثار، فأمر عباس بنقلها إلى القلعة، فنقلت إليها. وحدث سنة 1855 أن جاء مصر الأرشيدوق ماكسمليان النمسوى زائراً، فأعجبته تلك الآثار، فطلب إلى عباس باشا أن يهبه شيء منها، وكان عباس لايقدر قيمتها الفنية أو التاريخية، ولايشعر بواجب المحافظة عليها، فوهبها إياه كلها، ولم يتورع عن التفريط في تلك الكنوز القومية الثمينة. وفي غضون هذه المآسي جاء مصر عالم من علماء العاديات كان له الفضل الكبير في الإحتفاظ بآثار مصر، ذلك وهو العالم الفرنسي المسيو "مارييت" Mariette الذي أشتهر ذكره وعرف فيما بعد بمارييت باشا. جاء المسيو مارييت مصر سنة 1850، موفداً من قبل الحكومة الفرنسية للبحث عن بعض الآثار والمخطوطات، فعكف على التنقيب عن آثار سقارة، وأجرى حفائر عظيمة حتى كشف مدفن العجول (السرابيوم)، وكان يعمل في التنقيب منفرداً، دون أن تكون له بالحكومة صلة رسميه، وقد نقل إلى فرنسا كثيراً مما عثر علية من العاديات واللوحات الأثرية، وظل يعمل على هذا النحو حتى جعله سعيد باشا سنة 1858 مأموراً لأعمال العاديات بمصر، وكان ذلك بسعي المسيو فردينان دليسبس صديق سعيد الحميم، وقد بذل مارييت جهوداً في التنقيب عن العاديات والآثار ونقلت إلى مخازن أعدت لها ببولاق. ولما مات سعيد لقي مارييت من إسماعيل تعضيداً كبيراً، فأمره الخديوي بإصلاح مخازن بولاق وتوسيعها، وأفتتحها في حفلة رسميه حافلة يوم 18 أكتوبر 1863، وظلت دار العاديات في تقدم مستمر بفضل مثابرة مارييت ومؤازرة إسماعيل اياه طوال مدة حكمة. وبقى مارييت مثابراً على تعهد متحف الآثار حتى توفي سنة 1881، وقد نقل المتحف إلى الجيزة سنة 1891، ثم إلى مكانة الحالي بجوار قصر النيل سنة 1902، ودفن جثمان مارييت باشا في ناووس بمدخل المتحف.

مبنى المتحف الحالي كان من أقدم المباني في العالم في استخدام الخرسانة المسلحة (عام 1906).